一、增值稅相關問題的處理
1.總公司注冊建筑工程公司與公司之間“貨物”轉讓的增值稅繳納責任問題。根據《增值稅組織法》(以下簡稱法律法規)第四條第三項規定，兩個以上機構同時進行統一審核納稅，貨物從一個機構轉移到其他機構銷售的，相當于銷售貨物，但相關機構位于同一縣(市)的除外。
從總公司的角度來看，總公司向其分支機構轉讓增值稅應稅貨物。貨物用于銷售的，根據《依法注冊建設工程公司條例》的相關明確規定，轉讓的項目(相當于銷售)將發生增值稅納稅責任，按照轉讓時的溢價確定應納稅價格；如果用于非銷售目標，則在轉移的計劃中沒有增值稅支付責任(不等同于銷售)。比如卡車，辦公餐具等。轉移到非銷售目標必須等于銷售。
從分支機構的角度來看，如果轉讓的貨物滿足《商務部關于中小企業轉讓貨物征收增值稅難點的通知》(國稅發〔1998〕137號)的兩個前提條件，則分支機構應向其所在地稅務機關審批繳納增值稅；否則，應由總行審批。
《國稅發〔1998〕137號》明確規定兩個前提條件為“1。向買方簽發文件；第二，向買方收取注冊建筑工程公司的貸款。”接收機構的貨物轉移行為有上述兩種情形之一的，應當向駐地稅務機關繳納增值稅；不發生上述兩種情況的，由總行繳納增值稅。如果收貨機構只對部分貨物出具單據或向買方收取貸款，則應根據不同情況進行計算，并分別向總部或分支機構納稅。
2.總公司和分公司之間“貨物”的轉移很難出具單據。《中華民國證件管理必要性》(以下簡稱《必要性》)第十九條，銷售商品、提供公共服務以及從事其他經營管理和娛樂活動的單位和個人收取現金用于內部經營管理，錢包應當向付款人出具證件；同樣，只有單據是從付款人發放到錢包的。在總行進行綜合審計的方式下，貨物在總行和總行之間轉移，不屬于內部經營管理業務，不收現金，不符合《必要》中明確規定的發文前提。
但根據《增值稅組織法》及其法律法規規定，如果總公司與分公司之間的貨物轉移行為符合要求，則應等同于銷售并繳納增值稅。總公司相當于銷售款，其銷項稅不會構成分公司的進項稅。在這種情況下，增值稅專用發票是唯一的抵扣依據。因此，雖然總行與分行之間調撥的貨物不在《增值稅專用發票管理明確規定》規定的開具單據范圍內，但總行被迫向分行開具增值稅專用發票。否則，分行將因難以獲得可抵扣票據而失去納稅個人利益。
這也是相關增值稅政策明確規定，無論分支機構是否符合增值稅一般納稅前提，總分支機構繳納的稅款都可以完全認定為增值稅一般納稅的因素。
3.賬本困難。總的來說，在總分支機構實施的統一審計模式下，分支機構采用報賬制，沒有適當設置單獨的會計機構和會計崗位。但如果出現分支機構需要現場審批并向常駐負責稅務機關繳納增值稅的情況，總行應為各分支機構設置相同的增值稅應納稅明細分類賬，并準確審核各分支機構的增值稅進出口納稅情況；如果分行無需向當地稅務機關繳納注冊建筑工程公司增值稅，分行只需根據總行的審核要求采用報賬制即可。
二、會計處理
《中小企業會計準則第4號——收益》明確規定，銷售商品收入必須滿足以下前提條件才能確認:(1)中小企業已將商品產權的主要可能性和報酬轉移給購買者；(2)注冊建筑工程公司)中小企業既沒有保留與一般產權密切相關的持續所有權，也沒有有效控制售出的商品；(三)收入金額能夠可靠量化；(4)與經濟發展相關的個人利益很可能流入中小企業；(五)已經發生或將發生的相關生產成本能夠可靠量化。在《中小企業會計準則——收益》的構建下，由總公司向分公司轉移的商品，不能滿足“中小企業已經將商品產權的主要可能性和報酬轉移給購買者”的前提，也不滿足收益確認的前提，因此不應作為總公司銷售商品的收益確認。
《中小企業會計準則》第59條明確規定，銷售商品收入是指中小企業銷售商品(或成品、材料，下同)取得的收入。一般來說，中小企業在發放商品和接受貸款或獲得錢包基本權利時，應確認銷售商品的收入。在《中小企業會計準則》下，貨物從總行向其分支機構的轉移不符合“中小企業在發出貨物、接受貸款或取得錢包基本權利時，應確認銷售貨物收入”的前提，因此不應確認為總行銷售貨物收入。
總公司轉讓給注冊建筑工程公司分公司的貨物不符合《中小企業會計準則——收益》規定的收益確認前提，也不符合《中小企業會計準則》規定的收益確認前提，不應確認為中小企業(或中小企業)的收益。準確的做法是把它當作外部商品轉移。
第三，中小企業個人所得稅的處理
所得稅法實行財團法人制度。總公司與分公司之間轉讓的貨物屬于同一聯合體法人之間的貨物轉讓，既不屬于一般意義上的銷售貨物，也不屬于一般意義上的等價銷售貨物。
《商務部關于中小企業個人所得稅收入確認若干困難的通知》(國稅函〔2008〕875號)第一條第一項，中小企業銷售商品，符合下列前提條件的，應當確認收入的實現:1 .產品銷售合同已經簽訂，中小企業已將與商品產權相關的主要可能性和報酬轉讓給購買者；2.中小企業既沒有保留對已售商品的持續所有權(一般與產權關系密切)，也沒有實施有效控制；3.收入金額能夠可靠量化；4.賣方已經發生或將發生的生產成本能夠可靠審計。總行與分行之間的商品轉讓不滿足“產品銷售合同已經簽訂，中小企業已經將與商品產權相關的主要可能性和報酬轉讓給買方”的前提，不能在所得稅法中確認為產品銷售收入。
根據《中小企業所得稅法》第二十五條規定，中小企業發生非貨幣性資本交換，將貨物、個人財產和勞務用于捐贈、償債、贊助、集資、電視廣告、樣品、員工福利或利潤分配等。，相當于銷售商品、轉讓個人財產或者提供勞務，但中華人民共和國國務院財政、財政部門另有規定的除外。根據《商務部關于中小企業處置資本辦理個人所得稅難點問題的通知》(國稅函〔2008〕828號)，中小企業在總行與其分支機構之間進行資本轉移。由于資本產權的方式和實質沒有改變，可以作為對外處置資本，不等同于銷售確認收入，繼續計算相關資本的計稅基礎。
四.個別案件
一個總分支機構在外省有幾個分支機構，實行綜合審計。2014年6月，總行開具增值稅專用發票，將一批貨物轉讓給一個外國人的A分行內部銷售。成本價100萬，銷售價120萬，A分行出具內部銷售常駐證明。因為A分行銷售的是有居民證件的商品，居民稅務機關要求在當地繳納增值稅。此外，為方便參股，總行還為A分行辦公室過戶了一輛車，商業價值20萬元。(增值稅需繳稅17，成本價和銷售價不含稅)
1.6月底，總部發出貨物
(1)借款:庫存商品-a分店-XXX商品100
借款:應交稅金-應交增值稅(進項稅)-a17分行
貸款:庫存商品-XXX商品100
貸方:應交稅金-應交增值稅(銷項稅)17
(2)轉讓的汽車用于非銷售目標，不實行增值稅待遇。會計上沒有賬務處理，只在人民幣卡上登記，方便管理。
2.a分行收到的貨物
由于A分行采用報賬制，不進行獨立核算。所以收到調撥的商品時，只登記庫存商品和器物的保管賬戶，庫存商品增加100萬元。
但由于A分行向客戶發放常駐證件，向客戶收取貸款，根據增值稅管理，明確規定注冊建筑工程公司需向常駐稅務機關申請審批繳納增值稅。因此，對于總行向A分行開具的增值稅專用發票，總行需要到A分行常駐負責人的稅務機關進行認證，并在規定期限內參與抵扣。
3.7月底，A分行出售了所有轉讓的商品。在8月底的審批月內，需填寫增值稅納稅申報表，報送駐地負責稅務機關審批。7月末增值稅銷項稅額20.4萬元，進項稅額17萬元，應交稅金3.4萬元。
4.總公司的會計處理
(1)借款:利息140.4
貸款:主營業務收入-a120分行
貸方:應交稅金-應交增值稅(銷項稅)-分行A 20.4
(2)借款:主要生產成本-a分公司100。
貸款注冊建筑工程公司:庫存商品-甲分公司100
5.a分行的會計處理。
登記庫存商品和器物的入庫賬戶，庫存商品將減少100萬元。
